Ngày 08/3/1983, UBND tỉnh Hà Bắc (nay là UBND tỉnh Bắc Ninh) đã ban hành Quyết định 113/QĐ-UB thành lập Sở Tư pháp Hà Bắc - tiền thân của Sở Tư pháp Bắc Ninh ngày nay.
Thời kỳ từ năm 1983 đến năm 1997: Khi mới thành lập, Sở được giao 17 biên chế, song biên chế được bố trí chỉ có 6 đồng chí và hầu hết được điều động từ ngành khác sang; nhiệm vụ chủ yếu của Sở là: Quản lý thống nhất việc ban hành văn bản pháp quy; quản lý về mặt tổ chức các TAND huyện, thị xã; quản lý các công tác tư pháp khác tại địa phương như: công chứng, giám định tư pháp, chấp hành án, tuyên truyền giáo dục pháp luật, hoạt động của Đoàn Luật sư, Hội thẩm nhân dân...; đào tạo, bồi dưỡng cán bộ thuộc hệ thống tư pháp theo sự phân cấp của Bộ Tư pháp; tổng kết tình hình thi hành pháp luật tại địa phương; làm tư vấn cho UBND tỉnh về các vấn đề pháp lý; năm 1987, Sở Tư pháp tiếp nhận bàn giao thêm nhiệm vụ công tác đăng ký quản lý hộ tịch từ ngành Công an chuyển sang.
Tổ chức bộ máy khi mới thành lập chỉ có 03 phòng, đơn vị là Văn phòng, Phòng Tổ chức đào tạo, Phòng quản lý Toà án, trong đó Văn phòng đảm nhiệm cả các nhiệm vụ chuyên môn như thẩm định, soạn thảo văn bản, quản lý tư pháp địa phương và một số nhiệm vụ khác.
Thời kỳ từ 1997 đến tháng 6/2025: Năm 1997, tỉnh Hà Bắc được chia tách thành tỉnh Bắc Giang và tỉnh Bắc Ninh, theo đó, Sở Tư pháp tỉnh Hà Bắc được tách thành Sở Tư pháp tỉnh Bắc Giang và Sở Tư pháp tỉnh Bắc Ninh. Năm 2002, Sở Tư pháp bàn giao chức năng quản lý về mặt tổ chức đối với TAND cấp huyện sang TAND tỉnh. Năm 2009 cơ quan THADS được thành lập tách ra khỏi tổ chức của Sở Tư pháp.
Từ ngày 01/7/2025: Thực hiện Nghị quyết của Quốc hội, tỉnh Bắc Ninh và tỉnh Bắc Giang được sắp xếp thành tỉnh Bắc Ninh, theo đó, Sở Tư pháp tỉnh Bắc Giang và Sở Tư pháp tỉnh Bắc Ninh được sắp xếp thành Sở Tư pháp tỉnh Bắc Ninh mới.
Hiện nay, Sở Tư pháp tỉnh Bắc Ninh có 137 công chức, viên chức, người lao động; có 06 phòng chuyên môn nghiệp vụ gồm: Văn phòng Sở, Phòng Công tác Văn bản, Phòng Phổ biến và Theo dõi thi hành pháp luật, Phòng Quản lý xử lý vi phạm hành chính và Bồi thường nhà nước, Phòng Hành chính tư pháp, Phòng Bổ trợ tư pháp và 06 đơn vị sự nghiệp trực thuộc gồm: Trung tâm Trợ giúp pháp lý nhà nước Bắc Ninh số 1, Trung tâm Trợ giúp pháp lý nhà nước Bắc Ninh số 2, Trung tâm Dịch vụ đấu giá tài sản Bắc Ninh số 1, Trung tâm Dịch vụ đấu giá tài sản Bắc Ninh số 2, Phòng Công chứng số 1 Bắc Ninh, Phòng Công chứng số 2 Bắc Ninh; trong đó 2 Trung tâm Dịch vụ đấu giá tài sản và 2 Phòng Công chứng là đơn vị sự nghiệp tự chủ chi thường xuyên.
Đảng bộ Sở Tư pháp có 11 Chi bộ trực thuộc với 102 đảng viên.
